我国的桉树病害至今已发现有33种，其中叶部病害20种，枝干病害4种，根部病害5种，苗期病害4种，在这些病害中，猝倒病、白绢病、褐斑病、紫斑病、溃疡病等是广东、广西及海南等省(区）桉树的常见病害。近年尾叶桉、柳桉、巨桉等青枯病较为普遍，有些地区十分严重，造成大量植株**。
桉树苗期病害4种中茎腐病、白绢病等，我国南方均可发生，发病率5％～20％，可导致苗木**。在地势低洼积水，苗木过密，条件阴湿或使用尚未腐熟的肥料等苗床上，容易发生灰霉病，发病率10％～15％，严重则达30％，症状为苗木嫩叶、嫩茎腐烂，甚至全株**。
桉树叶部病害种类较多，有的地方也十分严重，常见有叶斑病、紫斑病、叶枯病、炭疽病。褐斑病是一种发生较为普遍的叶部病害，发病率达30％～40％，严重时达90％，造成叶片坏死，大量落叶，危害多种桉树。桉树叶部病害在我国较少进行防治。
桉树枝干病害中**为严重的是溃疡病，也导致流胶病的发生，受害树种有窿缘桉、柠檬桉、赤桉、蓝桉、大叶桉等，虽不会引起植株**，但影响林木生长，降低木材质量，防治方法尽中能减少树木的机械、生理损伤。注意放牧，免使牲口破坏树木等。
桉树根部病害主要有青枯病和根腐病，近年尾叶桉、柳桉、巨桉、巨尾桉均有发生、尾叶桉、柳枝发病较为普遍，有的地区十分严重，发病率2％～10％，有的她区达30％～40％，桉树青枯病一般在4～11月发生，高温多雨的6～8月为发病高峰期，遭台风袭击后的林木，由于根部受伤，病原菌极易侵入，导致感染发病。
桉树虫害
我国桉树害虫已收集的有53种，其中已鉴定到种名和属名的有种。普遍且危害较大的害虫主要有15种，华南地区有桉斑齿小卷蛾，铜绿金龟子、黄褐绒鳃角金龟子、绿鳞象甲、白蚁（多种）、小地老虎、大蟋蟀、星天牛、袋蛾类等。
由裙赭夜蛾，此虫在广东1年发生6代左右。主要危害柠檬桉,春季和夏季极度干旱常诱发此虫大发生。
桉小卷蛾此虫在桉树分布地区都有发生，广东地区每年发生9代左右，在海南岛1年发生12代左右。雨水太多或干旱都不利于此虫大发生，所以广东9～10月，海南省2～4月为成灾时期，主要危害刚造的幼林。
袋蛾类 柠檬桉小袋蛾、黛袋蛾、蜡彩袋蛾等。袋蛾1年发生1～2代。大面积纯林常是害虫大发生的主要原因。
金龟子类长金龟、红脚绿金龟、黄褐绒鳃角金龟子、头雷金龟子、大等鳞金龟等。金龟
子1年大多发生1代，每年的4～6月份为危害盛期。
大蟋蟀，此虫1年发生1代，多在沿海地区或地下水位低的砂质土壤危害，每年3～6月为危害盛期。